Die Genossenschaft führt einen ständigen Beratungs- und Gesundheitsdienst für Kleinwiederkäuer und nimmt alle damit verbundenen Nebenaufgaben wahr. Die Aufgaben werden geregelt in der Verordnung über die Unterstützung der Tiergesundheitsdienste (TGDV), im BGK-Reglement und in Technischen Weisungen. Der BGK unterstützt die kantonalen Veterinärdienste und das Bundesamt für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen (BLV) bei der Bekämpfung von offiziellen Seuchen der Kleinwiederkäuer. Der BGK arbeitet insbesondere mit dem BLV, dem Bundesamt für Landwirtschaft (BLW), den kantonalen Veterinärdiensten und den Ausbildungsstätten zusammen.