Die Stiftung bezweckt die Informationen und Aufklärung der Allgemeinheit über den Islam und dessen kulturelle Eigenheiten. Die Stiftung will dazu beitragen, dass in der Schweizer Bevölkerung das Verständnis für den Islam wächst und dadurch Mauern und Ängste abgebaut werden. Umgekehrt sollen auch hier lebende Muslime über das Christentum und dessen kulturelle Eigenheiten informiert werden. Durch die fundierte Information sollen sich Muslime leichter in die Schweizer Gesellschaft integrieren können. Um diesen Auftrag zu erfüllen, bedient sich die Stiftung Gabriel Institut insbesondere öffentlicher Vorträge (z.B. an Schulen, Universitäten und anderen Bildungseinrichtungen), thematischer Seminare, Expertisen zu spezifischen Fragen sowie Publikationen. Die Stiftung Gabriel Institut hat einen gesamtschweizerischen Auftrag: Bürger aller Sprachregionen sollen zum Schutz von Demokratie, Rechtsstaatlichkeit und grundlegenden Menschenrechten angeregt werden. Die Stiftung arbeitet in Partnerschaft mit Organisationen, die ähnliche Ziele verfolgen. Die Stiftung strebt eine Zusammenarbeit mit Entscheidungsträgern aus Politik, Wirtschaft, Medien und Rechtsprechung an. Politisch und konfessionell ist die Stiftung unabhängig. Die Stiftung verfolgt weder Erwerbs- noch Selbsthilfezwecke.