Zweck der Stiftung ist die Erforschung, Prävention und Behandlung von Eierstockkrebs. Umfasst werden auch alle Massnahmen, die der Weiterverbreitung von fachspezifischen Informationen an interessierte Personen und Institutionen dienen sowie die Beratung und Unterstützung von Eierstockkrebskranken und ihrer Angehörigen. Finanzielle Unterstützung wird in der Schweiz und in Entwicklungs- bzw. Schwellenländern geleistet. Der Stiftungsrat entscheidet nach freiem Ermessen über den Umfang der finanziellen Unterstützung beziehungsweise der Förderung für bestimmte Projekte oder für einzelne Wissenschaftler bzw. Wissenschaftlerteams oder für einzelne Ärzte bzw. Ärzteteams für eine besonders herausragende wissenschaftliche oder medizinische Leistung bzw. wissenschaftliche Arbeiten, die im Zusammenhang mit dem Stiftungszweck der Manja Gideon Stiftung stehen. Der Stiftungsrat ist ermächtigt Ausschreibungen vorzunehmen und ein Preisgeld festzusetzen, bei dem auch ausländische Teilnehmer berücksichtig werden können. Im Einklang mit dem Zweck der Stiftung kann die Stiftung in der Schweiz und in Entwicklungs- bzw. Schwellenländern auch andere Stiftungen und Organisationen, die auf gleiche oder ähnliche Zwecke ausgerichtet sind, beitreten und Beziehungen zu ihnen unterhalten. Die Stiftung ist gesamtschweizerisch tätig. Die Stiftung hat gemeinnützigen Charakter und verfolgt keinerlei Erwerbszwecke.